Le deuxième tome du Seigneur des anneaux, intitulé Les Deux Tours (The Two Towers dans la version originale), reprend les livres III et IV (dans la structure originellement pensée par Tolkien). Il suit les membres de la Freternité de l’Anneau (nouveau nom de la Communauté de l’Anneau) après leur séparation à la fin du premier tome.
Frodo et Sam continuent leur quête pour détruire l’Anneau unique dans le Mordor. Ils sont rejoints par Gollum, ancien possesseur de l’Anneau, qui alterne entre aider Frodon et le trahir. Pendant ce temps, Merry et Pippin, capturés par les Uruk-hai, s’échappent et rencontrent les Ents, des êtres anciens et puissants liés aux arbres. Les Ents, menés par Barbebois (Sylvebarbe dans l’ancienne traduction), se mobilisent contre Saroumane, traître parmi les magiciens, pour détruire Isengard, sa forteresse.
La deuxième partie se concentre sur les événements en Rohan, le royaume des hommes dirigé par le roi Théoden. Aragorn, Legolas et Gimli rejoignent la lutte contre les forces de Saroumane. Théoden, libéré de l’influence néfaste de Saroumane par Gandalf, prépare Rohan pour la guerre contre les forces de Sauron. La bataille de Fort-le-Cor (du Gouffre de Helm dans l’adaptation cinématographique) oppose les hommes de Rohan aux Uruk-hai de Saroumane, et malgré des moments difficiles, les Rohirrim l’emportent.
Pendant ce temps, Gandalf découvre que Sauron a renforcé ses troupes et marche sur Gondor. La menace grandissante pèse sur tous les peuples libres de la Terre du Milieu…